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Conformément à l’article L.414-10 du code de l’environnement, modifié par la loi Grenelle II du 10 juillet 2010, "Une fédération nationale regroupe l’ensemble des Conservatoires botaniques nationaux. Elle assure une coordination technique pour l’exercice de leurs missions et les représente auprès des pouvoirs publics".

Fédérant l'ensemble des CBN, la FCBN favorise au sein du réseau la mise en cohérence des stratégies et des outils et de développement de la coopération. Elle joue un rôle d’appui, d’animation du réseau et de centre de ressources pour ses membres et leurs partenaires. Elle assure une coordination de projets initiés par ses membres.

Elle est l'interlocuteur et le partenaire, au plan scientifique et technique, des pouvoirs publics et notamment du ministère en charge de la protection de la nature, des organismes scientifiques comme le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN), et des fédérations nationales de gestionnaires d’espaces naturels. À la demande du ministère, elle contribue à compléter la couverture territoriale des CBN en apportant son appui aux projets d’émergence de nouveaux conservatoires, tant en métropole qu’en Outre-mer.

La FCBN défend un certain nombre d’intérêts communs de ses membres, dont les ressources financières, tant auprès de l’État que des collectivités territoriales, et peut proposer des évolutions à caractère législatif ou réglementaire. Elle a vocation à porter les demandes collectives du réseau et à les discuter auprès des instances afin d’obtenir par exemple l'intégration des CBN dans le service public de l'environnement ou l'inscription de leurs propositions dans les différents programmes d’appels à recherche lancés par les divers ministères (environnement, recherche, Outre-mer, etc.) ou groupements (bureau des ressources génétiques…). Enfin, elle est chargée de mettre en valeur les actions des CBN et de les faire rayonner au niveau national et international.

Conformément à la volonté du législateur, la FCBN anime l'organisation et la coordination de l'expertise nationale des CBN en s'appuyant sur les connaissances et compétences réunies dans le réseau. Elle apporte son concours à la préparation et la mise en œuvre des politiques en matière de patrimoine naturel, en particulier dans les domaines de la flore sauvage et des végétations et habitats naturels et semi-naturels. Son rôle de coordinateur et de soutien technique à la mise en place des politiques du ministère en charge de la protection de la nature est conforté depuis 2010.

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